O Γιάννης Πυργιωτάκης είναι Ομότιμος Καθηγητής Κοινωνιολογίας της Εκπαίδευσης και πρώην Αντιπρύτανης του Πανεπιστημίου Κρήτης. Το 1984 εξελέγη παμψηφεί Επίκουρος Καθηγητής του Πανεπιστημίου Κρήτης. Ακολούθησαν δύο ακόμη παμψηφεί εκλογές στη βαθμίδα του Αναπληρωτή και του Τακτικού Καθηγητή από την οποία και αφυπηρέτησε το 2009. Διετέλεσε επί σειρά ετών μέλος της Συνόδου των Ελλήνων Πρυτάνεων, πρόεδρος του Τμήματος Κοινωνιολογίας και του Παιδαγωγικού Τμήματος. Είναι επίσης επίτιμο μέλος του αρχαιότερου «ΦΙΛΟΛΟΓΙΚΟΥ ΣΥΛΛΟΓΟΥ ΠΑΡΝΑΣΣΟΣ» και τακτικό μέλος της Εθνικής Εταιρείας των Ελλήνων Λογοτεχνών.
Στη μακρά ερευνητική και συγγραφική του πορεία υπήρξε πολυγραφότατος· έχει εκδώσει περί τα 30 βιβλία και έχουν εκδοθεί προς τιμήν του δύο ακόμη. Έχει δημοσιεύσει πάνω από 200 μελέτες, άρθρα και μονογραφίες, δημοσιευμένες στα καλύτερα περιοδικά της Ελλάδας και της Ευρώπης. Μνημειώδους σημασίας θεωρείται το έργο του «ΕΙΣΑΓΩΓΗ ΣΤΗΝ ΠΑΙΔΑΓΩΓΙΚΗ ΕΠΙΣΤΗΜΗ», με 17 εκδόσεις καθώς και το έργο «ΚΟΙΝΩΝΙΚΟΠΟΙΗΣΗ ΚΑΙ ΕΚΠΑΙΔΕΥΤΙΚΕΣ ΑΝΙΣΟΤΗΤΕΣ» με 12 επανεκδόσεις. Τα άρθρα του επίσης στον ημερήσιο και περιοδικό τύπο (Το Βήμα, Τα Νέα, Ελευθεροτυπία, Καθημερινή κλπ.) με επίκαιρα θέματα της ειδικότητάς του ανέρχονται σε εκατοντάδες, γιατί ο Γιάννης Πυργιωτάκης δεν υπήρξε μόνον ένας θεωρητικός της επιστήμης· υπήρξε ταυτόχρονα ένας παρεμβατικός πολίτης και επιστήμονας, επιμένοντας περισσότερο στις ελλείψεις και τις αδυναμίες του Εκπαιδευτικού μας Συστήματος. Με δικές του παρεμβάσεις δημιουργήθηκε το Ολοήμερο Σχολείο και είναι ο ιδρυτής των πρώτων αυτών σχολείων σε ολόκληρη την Ελλάδα και δίκαια αναγνωρίζεται ως ο πατέρας του. Επίσης τα Σχολεία Δεύτερης Ευκαιρίας στηρίζονται σε δικές του εισηγήσεις. Το 1995, επετειακό έτος των 150 χρόνων Συνταγματικού Βίου, διοργάνωσε πρόγραμμα επίσκεψης στη Βουλή των Ελλήνων για μαθητές Δημοτικού Σχολείου και Γυμνασίου. Το πρόγραμμα αυτό στέφθηκε από τέτοια επιτυχία, ώστε έκτοτε λειτουργεί ανελλιπώς μέχρι σήμερα.
Είναι ιδρυτής και συντονιστής των Διδακτορικών Σπουδών του Ευρωπαϊκού Πανεπιστημίου Κύπρου. Υπήρξε επισκέπτης καθηγητής, του Πανεπιστημίου Φραγκφούρτης και του Γερμανικού Ινστιτούτου για Διεθνή Παιδαγωγική Έρευνα καθώς και του Πανεπιστημίου Κύπρου. Έχει προσκληθεί και έχει δώσει μαθήματα σε πολλά ευρωπαϊκά πανεπιστήμια, όπως της Frankfurt, της Χαϊδελβέργης, του Αμβούργου, του Πανεπιστημίου της Χάγης, κλπ. Είναι μέλος πολλών επιστημονικών εταιρειών και διετέλεσε πρόεδρος της Παιδαγωγικής Εταιρείας Ελλάδος, της οποίας είναι επίτιμος Πρόεδρος.
Στο χώρο της λογοτεχνίας έχει εκδώσει συλλογή διηγημάτων με τίτλο «ΣΤΗ ΓΗ ΤΗΣ ΤΥΛΛΗΡΙΑΣ», έργο που τιμήθηκε από τον αρχαιότερο «Φιλολογικό Σύλλογο Παρνασσός» με το πρώτο Πανελλήνιο Βραβείο Διηγήματος. ‘Έχει εκδώσει επίσης το έργο του «ΑΛΕΞΑΝΔΡΟΣ ΠΑΠΑΔΙΑΜΑΝΤΗΣ: Ο Αλλοδαπός της Αθήνας», το οποίο έχει χαρακτηριστεί ως το καλύτερο έργο που έχει γραφεί στις τελευταίες δεκαετίες για το μεγάλο Σκιαθίτη συγγραφέα. Μεγάλη αναγνώριση και πολύ καλές κριτικές γνωρίζει επίσης και το τελευταίο του έργο «Οι Αγνοούμενοι και άλλα διηγήματα».